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OrgaCount bietet eine Reihe optionaler und sehr wertvoller Werkzeuge, die als Plugins vom Hauptmenü aus erreichbar sind:
ReportSHP ReportSHP ist eine Anwendung zum Aufbau von Vorlagen ('Templates'), die für eine Anpassung des Ausgabeformats von Berichten verwendet werden: In vielen Fällen müssen die Daten, die mit OrgaCount erzeugt werden, in andere Datenbanken exportiert werden oder für verschiedene Berichte auf Papier gedruckt werden. Die in OrgaCount standardmäßig verfügbaren Ausgabeformate sind nur für einen begrenzten Bereich einsetzbar. Um die Ausgabemöglichkeiten flexibler und umfangreicher zu gestalten, wurde daher das Plugin ReportSHP entwickelt. Mit diesem Werkzeug kann jeder Anwender unabhängig von seinen Programmierkenntnissen Berichts- und Ausgabevorlagen verwenden und für seine persönlichen Bedürfnisse anpassen. Die Anwendung ReportSHP kann sowohl als Plugin integriert in OrgaCount verwendet werden als auch als eigenständiges Softwaretool zum Austausch mit anderen Datenbanken eingesetzt werden.
Classifications Um die Organismenzählungen statistisch nach höheren Taxa zusammenfassen zu können, kann OrgaCount Klassifizierungsinformationen von Organismen einbeziehen. Die Datenbank kann eine oder mehrere Klassifizierungen enthalten. Jede Zähldomain ist mit einer Klassifizierung verbunden. Auf der anderen Seite kann ein und dieselbe Klassifizierung auch für mehrere Zähldomains verwendet werden, so zum Beispiel Phytoplankton Size Class North Sea and Phytoplankton Size Class Baltic Sea oder Phytoplankton Biovolume 2010 and Phytoplankton Biovolume 2011. 
Durch Klicken auf einen Namen aus der Liste im Classifications-Plugin wird der entsprechende Baum geöffnet. Durch Klicken auf weitere Taxonnamen in der Baumstruktur kann der Anwender durch das Klassifizierungsschema navigieren. Die niedrigste Ebene des Klassifizierungsschemas in das Genus. OrgaCount verbindet den Taxonnamen in der Größenklasse-Masterliste mit den Taxonnamen in der Klassifizierungstabelle. Gelegentlich werden neue Taxa eingefügt, die keine entsprechende Verbindung zur Klassifizierungstabelle haben. Für solche Fälle bietet OrgaCount zwei Editierfunktionen im Klassifizierungsmodul an: 'Add new child' (neues Taxon einfügen) und 'Delete node' (Zweig löschen).
ClassificationImporter Der ClassificationImporter ist ein sehr nützliches Werkzeug, um neue Klassifizierungen einzufügen oder bestehende Tabellen zu ergänzen: 
Der ClassificationImporter arbeitet mit einfachen Textdateien wie CSV, TXT u.a., die mit Hilfe von Excel oder anderen frei erhältlichen Editierwerkzeugen ohne großen Aufwand direkt erzeugt und gespeichert werden können.
ProjectExplorer Der ProjectExplorer ist ein optionales Werkzeug, um die in Projekten nach Probenahmejahr, geografischer Position und Stationen hierarchisch geordneten Daten sichtbar zu machen und zu durchsuchen. Eine grundlegende Probendaten-Exportfunktion ist ebenfalls enthalten: 
ListImporter Dieses zusätzliche Werkzeug kann zum Import von Zählobjekten mit und ohne Größenklassen in die Masterlisten und Größenklassen-Datenbank von OrgaCount eingesetzt werden. Obwohl mit dem Begriff 'Objekte' normalerweise Taxa (Arten und höhere Taxa) gemeint sind, ist die Software nicht auf diese Zählobjekte beschränkt. Der ListImporter kann sowohl bei der Erzeugung neuer Listen für die Zähldomains als auch für das Aktualisieren bestehender Listen eingesetzt werden. Zurzeit unterstützt der ListImporter die folgenden Zählmodes: Phytoplankton Size Class, Phytoplankton Biovolume, Macrozoobenthos, Zooplankton, Taxon & Simple Size Class and Taxon Only. Der ListImporter arbeitet mit einfachen Textdateien wie CSV, TXT u.a., die mit Hilfe von Excel oder anderen frei erhältlichen Editierwerkzeugen ohne großen Aufwand erzeugt und abgespeichert werden können. 
SetCountingDomain Das Plugin SetCountingDomain ist eine optionale Anwendung, die zum Anlegen von neuen Zähldomains eingesetzt werden kann. Zähldomains basieren auf verschiedenen Zählstrategien (Phytoplankton Biovolume, Phytoplankton Size Class, Zooplankton, Macrozoobenthos, Taxon Only, Taxon & Simple Size Class u.a.). Neue Zähldomains können dafür verwendet werden, um neue Sätze von Projekten organisiert nach Probennahmejahr, geografischer Position, Forschungsschwerpunkt u.a. anzulegen. 
MicroscopeParametersEditor Das MicroscopeParametersEditor-Modul ist eine Software, mit deren Hilfe der Anwender ganze Parametersätze für die bei Zählung verwendeten Mikroskopeinstellungen erzeugen und speichern kann. Die Mikroskopeinstellungen sind mit den Zähldomains und den zugrunde liegenden Zählmodes (Phytoplankton Biovolume, Phytoplankton Size Class u.a.) eng verbunden. Beim Aufruf des MicroscopeParametersEditors kann der Benutzer eine Zähldomain und einen Mikroskopnamen auswählen. Ihm wird dann eine Liste von Mikroskopeinstellungen angeboten, einschließlich des Zählfaktors für die gesamte Zählkammer. Die Liste kann direkt editiert werden. 
Außerdem ist es möglich, eine individuelle Liste mit Einstellungen über eine Text- oder CSV-Datei in das Programm hochzuladen. Sie können solche Textdateien mit Hilfe von Excel oder anderen frei erhältlichen Editierwerkzeugen sehr einfach erzeugen und abspeichern.
VolumeFormulaEditor Der VolumeFormulaEditor versetzt den Anwender in die Lage, die Listen für geometrische Körper in den Biovolumenmodulen selbst zu verwalten. Für jede Zähldomain kann eine eigene Datensatzliste erstellt werden: 
Alle Einträge wie die Formeln für Biovolumen und andere Informationen können editiert werden, und es können auch neue geometrische Körper hinzugefügt werden. Darüber hinaus können eigene Bilder, die die geometrischen Körper illustrieren, ebenso wie die zugehörigen Formeln hier hochgeladen werden und werden beim Überstreichen mit der Maus als so genannte 'Thumbnails' (kleine Bildvorschauen) angezeigt. Der numerische Code für die geometrischen Körper verbindet die Volumeninformation mit den bestehenden Taxonlisten. Wenn Sie auf 'View taxa with this shape' (zeige alle Taxa mit dieser Geometrie) klicken, öffnet sich das entsprechende Fenster wie in der Abbildung unten, und eine Liste von Taxons wird angezeigt, die bereits mit ausgewählten geometrischen Körpern in der aktuellen Zähldomain verbunden sind. In einem Auswahlmenü können weitere geometrische Körper ausgewählt werden, für die dann alle verbundenen Taxa angezeigt werden. 
  
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Menü Plugins
